Мисията се намира в долината Сан Мигел и се полива от едноименния поток. Основан е на 12 март 1787 г. от доминиканеца Луис де Салес, но на следващата година променя първоначалното си селище и се установява на 7 км на север.
През годината на своето основаване Сан Мигел регистрира население от 137 жители; от 224 през 1800 г. между 350 и 400 през 1824 г. Влажният климат в региона благоприятства отглеждането на пшеница, царевица, нахут, боб и ечемик; В допълнение към тези продукти са използвани диви растения, като мескал, жълъди и семена от чиа. Близостта до брега позволява придобиването на сол и голямо разнообразие от черупчести и риби. Земите, прилежащи към потока Сан Мигел, осигурявали необходимите пасища за големи стада коне, магарета, мулета, говеда и овце, всички те от основно значение за развитието на мисиите в региона.
На 55 км южно от Росарито и на 35 северно от Енсенада по федерална магистрала No. 1 (безплатно), в град Ла Мисион.