Идалго замина за Агуаскалиентес и се насочи към Сакатекас. От Сакатекас Идалго мина през Салинас, Венадо, Чаркас, Матехуала и Салтийо.
Тук беше определено, че основните лидери, с най-добрите войски и парите, заминаха за САЩ. Още по пътя те бяха взети в плен от роялистите на 21 март в Норияс дел Бахан или Акатита дел Бахан. Идалго е откаран в Монклова, оттам той заминава на 26 март през Аламо и Мапими и на 23-и влиза в Чихуахуа. След това процесът се оформи и на 7 май беше взето първото изявление. Църковният характер на Идалго доведе до забавяне на процеса му повече от този на спътниците му. Присъдата за понижаване беше произнесена на 27 юли и на 29 юли той беше екзекутиран в кралската болница, където Идалго беше затворен. Военният съвет осъди затворника да бъде поставен на оръжие, а не на обществено място като неговите другари, и да го простреля в гърдите, а не в гърба, като по този начин запази главата му. Идалго чу изречението спокойно и се приготви да умре.
Последният му ден е описан по следния начин: „Обратно в затвора му беше поднесена шоколадова закуска и след като я помоли, вместо вода да му се сервира чаша мляко, която завърши с изключителен проява на апетит и удоволствие. Миг по-късно му казаха, че е дошло времето да отиде на мъченията; Той го чу без промяна, изправи се на крака и заяви, че е готов да си тръгне. Всъщност той излезе от отвратителното кубче, в което се намираше, и като напредна на петнадесет или двадесет крачки от него, спря за миг, защото офицерът от стражата го беше попитал дали му се предлага нещо за последно; На това той отговори да, че иска да му донесат сладкиши, които той беше оставил на възглавниците си: те наистина ги донесоха и след като ги разпределиха сред същите войници, които трябваше да го запалят и вървяха зад него, той ги насърчи и утеши със своята прошка и най-сладките му думи да си вършат работата; И тъй като той много добре знаеше, че му е наредено да не стреля с глава, и се страхуваше, че ще пострада много, защото все още беше здрач и предметите не се виждаха ясно, той заключи, като каза: „Дясната ръка, която ще сложа на гърдите си, ще бъде , деца мои, безопасната цел, към която трябва да отидете ”.
„Пейката на изтезанията беше поставена там във вътрешен коридор на посоченото училище, за разлика от това, което беше направено с другите герои, екзекутирани на малкия площад зад споменатата сграда и там, където днес е паметникът. това ни напомня за него и новия мол, който носеше неговото име; И когато Идалгото разбра за мястото, към което беше адресиран, той тръгна с твърда и спокойна стъпка, и без да позволи очите му да бъдат завързани, моли се със силен и пламенен глас псалма Miserere me; Той пристигна на скелето, целуна го с примирение и уважение и въпреки някои раздори, които не го накараха да седне с гръб, той зае мястото, обърнато отпред, сложи ръка на сърцето си, напомни на войниците, че това е точка, където трябва да го застрелят, и миг по-късно залпът от пет пушки експлодира, една от които ефективно проби дясната ръка, без да наранява сърцето. Героят, почти безстрастен, напрегна молитвата си и гласовете им бяха заглушени, когато отново се взривиха още пет дула на пушките, чиито сачми, минавайки покрай тялото, скъсаха връзките, които го свързваха с пейката, и човекът падна в езеро от кръв, той още не беше умрял; бяха необходими още три куршума, за да се заключи това ценно съществуване, което уважаваше смъртта повече от 50 години. "
Слънцето едва се беше родило, когато вече се беше поставило на публично място, на стол и на значителна височина и точно от външната страна на своето. Главата му с тези на Алиенде, Алдама и Хименес бяха поставени в железни клетки в ъглите на Алхондига де Гранадитас в Гуанахуато. Тялото е погребано в третия орден на Сан Франциско де Чихуахуа, а през 1824 г. стволът и главата са донесени в Мексико, за да бъдат погребани с голяма тържественост.
