Роден в Комо, Италия през 1702 г. от благородно раждане. В Испания, където пристига, бягайки от войната в Австрия, той получава широки правомощия да събира в Мексиканската кралска кахас пенсията на потомците на Моктесума.
Той пътува до Нова Испания през 1736 г. По време на осемте години от престоя си той се посвещава на разследването на явленията на Дева Мария от Гуадалупе, събирайки значителен графичен и пиктографски материал. Той насърчава коронясването на имиджа на Гуадалупана, което предизвиква недоверие към вицерегалските власти. Той е взет в плен и колекцията му е лишена. Месеци по-късно, след като е депортиран в Испания, той се качва на кораб, който попада в ръцете на пиратите, които го изоставят в Гибралтар.
Със страхотни творби той пристигна в Испания и се свърза с колекционера Мариано Фернандес де Ечеверия Вейтия, който постигна оправдателната си присъда, назначен за кралски хроникьор на Индия, позиция, която Ботурини отказа да се посвети на писането за историята на коренното население. Въпреки че никога не възстановява колекцията си, той написа Каталога на Индийския музей върху нея. Неговата работа е много оригинална и добре документирана. Умира в Мадрид на несигурна дата, между 1750 и 1755.
