Християнизацията на якизите е това, което позволява на религиозните да се разпространят през 1609 г., прониквайки на територията на Сонора.
По време на колонията Сонора отговаряше само на склоновете на западната част на Сиера Мадре, включени в границите на това образувание. Районът, който се е простирал на север от река Yaqui, включително Real de la Cieneguilla, се е наричал Pimería Baja, а най-северният регион от този Real до река Колорадо - вече в настоящия северноамерикански щат Аризона - се е наричал Pimería Alta.
Настоящата територия на Сонора включва и малък регион в югозападната част на тогавашната известна като Пимерия, разположен в щата Чихуахуа и Остимури, място, разположено на бреговете на Калифорнийския залив, между реките Майо и Яки.
През 1614 г. мисионерите Перес де Ривас и Педро Мендес християнизират маите в района на Остимури, разделяйки мисията на три области: Санта Круз (в устието на Майо), Навохоа и Тесия.
Тепахуите са включени заедно с Корникари през 1620 г. Отец Мигел Годинес основава мисиите на Сан Андрес де Корникари и Асунсион де Тепахуи. . Същата година е основан Ректоратът на Сан Игнасио, който включва, освен петте споменати по-рано мисии, Бакум, Торин и Рахун, разположени в устието на Яки.
През 1617 г. якизите са обърнати от родителите Перес де Ривас и Томас Базилио. Въпреки претърпели въстания, бунтове, мъчения и убийства, преобразуването на Сонора е по-бързо и по-консолидирано. Към 17 век йезуитите се разширяват и основават мисията на Майкоба и Йекора в югозападната част на това, което те познават като Чинипас.
Мисиите от река Яки на север бяха разделени на четири хранилища: тази на Сан Борха групира мисиите на: Кукумарипа и Текорипа , основана през 1619 г .; Мовас и Оновас, през 1622 г .; Сахуарипа през 1627 г .; Матапе през 1629 г .; Онапа през 1677 г. и Аривечи , през 1727 г. Ректоратът на тримата свещени мъченици на Япония, включващ Батуко, основан през 1627 г., Опосура през 1640 г. и Бакадегуачи , Гуазавас , Санта Мария Бачерака и Сан Мигел Бависпе , основана през 1645 г. И Ректоратът на Сан Хавиер, който интегрира мисиите на Урес през 1636 г .; Аконки, Оподепе и Банамичи през 1639 г .; Кукурпе и Аризпе през 1648 г. и Куакиарачи през 1655 г.
През 1687 г. мисионерът Еусебио Франциско Кино влиза в Пимерия Алта и започва мисиите на Ректората на Нуестра Сеньора де лос Долорес, основавайки: Каборка, към която е назначен Франсиско Хавиер Саета, който поддържа кореспонденция с неговата духовна подкрепа, бащата Кино; Атил, Тубутама, Богородица на Скръбта де Сарик, Питикито, Айил, Окитоа, Магдалена, Сан Игнасио, Кокоспера и Имурис.
След изгонването на йезуитите мисиите отговарят за францисканците, които не строят повече и се ограничават само до опити да запазят съществуващите. След като йезуитите вече бяха установили селища в Синалоа и Сонора, те насочиха поглед към калифорнийската територия.
