Археологическите останки на Ixtépete, церемониален център близо до град Гуадалахара в община Zapopan и неотдавнашните открития на повече от двадесет гробни гробници в долината Atemajac, ни позволяват да заключим, че е имало важни професии през класическия период (200 Пр.н.е.-650 г.)
Малко преди завоеванието, долината е била обитавана в по-голямата си част от групи коки и текуеси, събрани в малки села, зависими от властта на Тоналан, които са били подложени без особена съпротива от Нуньо Белтран де Гусман през 1530 г.
В края на следващата година Гусман предприема завладяването на север, възлагайки на Хуан де Оняте да премине дерето на река Сантяго и, доколкото е възможно, но с предпазливост, намира испанско население, без да се излага. Така на 5 януари 1532 г. в околностите на Ночистлан, в днешен Сакатекас, е основана Гуадалахара.
Условия, неблагоприятни за заселниците, причиниха прехвърлянето на този град в Тонала, но престоят там беше краткотраен и скоро след като испанците се заселиха близо до Тлакотан, където останаха до 1541. Въстанието на кейковете, по-известно като войната в Микстон, което Той изложи испанската власт в сериозна опасност, стигна до покрайнините на Гуадалахара. С бунта, потушен „с огън и кръв“ от мощната армия, водена от вицекрал Антонио де Мендоса, градът постигна мир, но остана без местна работна ръка, така че, в търсене на това, те решиха да преместят населението, намирайки адекватни Вале де Атемаяк, където последната и окончателна основа е направена на 14 февруари 1542. По-късно се потвърждава новината, че почти три години преди това кралят му е предоставил ранга и привилегиите на града.
През 1546 г. папа Павел III създава епископията на Нуева Галисия и през 1548 г. е създадена едноименната Audiencia; Първоначално седалището на двете юрисдикции беше в Компостела, Тепик, докато през 1560 г. беше наредена промяната му в Гуадалахара, като по този начин тя стана съдебен ръководител на обширната територия, наречена тогава Аудиенсия от Гуадалахара, столицата на Кралство Нуева Галисия и седалището на епископството. Тъй като всеки испански град беше нарисуван като шахматна дъска от това, което беше площадът Сан Фернандо, а също както беше обичай, местните квартали Мексикалцинго, Аналко и Мескитан бяха оставени извън плана. Процесът на евангелизация е започнат от францисканците, последвани от августинците и йезуитите.
Постепенно, с трудности и неуспехи, но и с успехи, Гуадалахара нараства и се утвърждава като икономически и силов център, толкова много, че в средата на 18 век значителен брой заможни хора от Гуадалахара искат Нуева Галисия с Нуева Визкая да интегрира напълно чуждестранно вицекралство. към Нова Испания, цел, която не е постигната, тъй като пред вратата бяха политико-административните реформи от 1786 г., които модифицираха териториалната структура, разделяйки цялата вицекралство на 12 общини, една от които беше Гуадалахара.
По време на колонията, особено през 18-ти век, икономическият подем оставя архитектурно, културно и художествено наследство, свидетелствата за което все още остават в целия град.
Ефирите за независимост, които се разпространяваха из цялата испанска територия, проникнаха в Халиско, така че когато избухна войната за независимост в различни части на общината, имаше въстания.
На 26 ноември 1810 г. дон Мигел Идалго, командващ голяма армия, влиза в Гуадалахара и е приет от Хосе Антонио Торес, който малко преди това превзема града. Тук Идалго издаде указ за премахване на робството, щампована хартия и алкабали и спонсорира отпечатването на бунтовническия вестник „El Despertador Americano“.
На 17 януари 1811 г. въстаниците са победени на моста Калдерон и роялистките войски на Калея възстановяват Гуадалахара, поемайки командването на Хосе де ла Крус, който с епископ Кабаняс унищожава всяко избухване на бунта.
Провъзгласена за независимост през 1821 г., свободната и суверенна държава Халиско е издигната, оставяйки Гуадалахара като столица на държавата и седалище на властите.
Нестабилността, която преобладаваше през почти целия деветнадесети век в страната, утежнена от чужди нашествия, затрудни, но не попречи на държавата и особено в нейната столица да продължи да се развива в различни порядки. Осезаеми примери са: през втората четвърт на века създаването на Института за държавни науки; изграждането на Училището за изкуства и занаяти, Ботаническата градина, Пенитенциарното заведение и Витлеемския пантеон, както и откриването на първите фабрики.
В началото на осемдесетте години се появиха градски трамваи с животинска тяга, електрическата светлина беше инсталирана през 1884 г., през 1888 г. пристигна първата железопътна линия в Мексико и тази на Мансанийо през 1909 г. През деветдесетте години дон Мариано Барсена основа Астрономическата обсерватория и индустриалния музей.
По време на революцията в Гуадалахара имаше някои актове на бунт срещу диктатурата на Диас, като стачки на работници и протести на студенти, а Мадеро дори беше приет през 1909 и 1910 г. с големи изрази на съчувствие. Няма обаче войнствени събития от последствията. От друга страна, столицата на Гуадалахара претърпява някаква стагнация, която приключва през 1930 г., след като е приет мирът, нарушен от войната на Кристерос, което започва желание за модернизация, която не е приключила.
Вижте също колониални градове: Гуадалахара, Халиско
