Постоянните набези на испанския завоевател Дон Нуньо Белтран де Гусман към западните земи на страната, за да се увеличи неговото господство и власт над тези територии, доведоха до създаването на нова провинция, наречена Кралство Нова Галисия.
Районът е бил обитаван от различни местни групи, които непрекъснато опустошават селищата, които испанците са основали в него. Поручикът на Нуньо де Гузман, капитан Хуан Б. дьо Онате, получава заповеди да успокои тези провинции и да открие Вила де Гуадалахара на мястото, наречено Ночистлан, факт, който той е извършил на 5 януари 1532 г. С оглед на честите местни атаки срещу града той трябваше да се премести година по-късно в Тонала и по-късно в Тлакотлан. Трето прехвърляне беше направено за уреждане на града в долината Атемаяк, където градът беше окончателно основан на 14 февруари 1542 г. с присъствието на Кристобал де Оняте като управител на Нуева Галисия и дон Антонио де Мендоса, тогава вицекрал на Нова Испания, който назначи Мигел де Ибара за кмет и лейтенант губернатор.
Градът се развива бързо и започва да се конкурира с този на Компостела (днес Тепик), който тогава е бил седалище на религиозни и граждански сили, така че жителите на Гуадалахара упражняват такъв натиск върху властите на Аудиенсия, че кралят Фелипе II решава да издаде удостоверение от 10 май 1560 г. за преместване от Компостела в Гуадалахара, катедралата, кралския двор и служителите на хазната.
Урбанистичната структура е била планирана според тази на другите колониални градове, така че нейното оформление е разработено под формата на шахматна дъска от площада Сан Фернандо. По-късно кварталите Mexicaltzingo и Analco са създадени от Фрай Антонио де Сеговия, а кварталът Mezquitán, един от най-старите. Издигнати са и къщите на кметството, срещу сегашния храм Сан Агустин и първата енорийска църква, където се намира Дворецът на правосъдието.
Днес великолепният град, плодотворен в колониални сгради, показва редица релевантни архитектурни примери, като катедралата си, задължително място, построено между 1561 и 1618 г. от архитекта Мартин Касияс. Неговият стил е класифициран като начален барок. Неговата солидна структура се издига пред днешната Плаза де Гуадалахара, с нейните любопитни кули, които, въпреки че не принадлежат към оригиналния стил на сградата, в момента са признати за символ на столицата на Гуадалахара. Примитивните кули са унищожени през 19 век от земетресение, поради което са добавени тези, които има днес. Интериорът на храма е полуготически по стил, включително неговите сводове, изработени от дантела.
Други религиозни райони от 16-ти век са манастирът в Сан Франциско, създаден през 1542 г. близо до реката, в квартал Analco и почти напълно разрушен през Реформацията. Неговият храм, реновиран в края на 17 век, с бароковата си фасада от скромни соломонови линии е запазен. Девическият манастир Сан Агустин е основан през 1573 г. от Кралската наредба на Фелипе II и в момента запазва храма си с фасадата си от сурови херерийски линии и вътрешността си с оребрени сводове.
Санта Мария де Грация, друга от конвенционалните фондации, е била заета от доминикански монахини от Пуебла, построена през 1590 г. пред Плаза де Сан Агустин и платена от Ернан Гомес де ла Пеня. Строежът заема шест блока, въпреки че днес се запазва само неговият храм, с неокласическа фасада от втората половина на 18 век.
